A Vortex (korábbi nevén Nexus Mod Manager) arra való, hogy könnyen lehessen cserélgetni a beépülőket, meg a betöltési sorrendjüket. Egyébként ugyanúgy bemásolja a megfelelő helyekre a dolgokat, mintha kézzel tennéd, csak pontosan tudja, mit hova rakott, ezért sokkal egyszerűbb vele az eltávolítási művelet (meg vannak benne egyéb hasznos dolgok is). A Vortex használatával pontosan meg lehet állapítani, hol vannak mod ütközések, és hogyan célszerű feloldani őket.
